В сентябре 2005 года по заявлению ФНС России арбитражный суд принял решение о введении на заводе процедуры банкротства. По предложению ФНС был назначен арбитражный управляющий из состава Гильдии. В 2007 году, в результате банкротства было создано ООО «Онежский тракторный завод», которое функционирует на второй площадке. На первой (исторической) площадке в центре города планируется возвести жилые и офисные здания, общественно-торговый центр с сохранением фасадов некоторых исторических корпусов завода и музея. Сегодня предприятие ООО «ОТЗ» является частью концерна «Тракторные заводы».